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河蟹幼體絲狀細菌病病原是亮發菌，常見的為毛霉亮發菌。該病主要發生在每年的３～６月。與其他細菌危害不同，絲狀細菌對河蟹幼體的危害只是一種物理性的危害。絲狀細菌附生于河蟹幼體，幼體的附肢、眼等被重重纏繞，導致河蟹活動不便，攝食受阻，生理機能下降，引起死亡。絲狀細菌也能附生于蚤狀幼體的鰓部，刺激鰓部黏液分泌增加，使鰓部沾滿污染物，導致呼吸困難，缺氧死亡。防治可從以下三方面進行。

　  生物防治　在育苗池中培養單胞藻（小球藻、硅藻、扁藻等），是控制絲狀細菌數量的一條既經濟又環保的途徑。單胞藻不僅是河蟹幼體營養豐富的生物飼料，而且可以降低水體中的氨氮，增加水中的溶解氧。一些單胞藻滲出物（如多糖、多酚、氨基酸）能有效絡合某些金屬離子，從而減少細胞對金屬離子的吸收，降低金屬毒性。與使用抗菌藥物相比，單胞藻的使用不會產生耐藥菌株或藥物殘留等現象。

　　有益微生物能降解育苗水體中的有機物，是預防絲狀細菌病發生的另一科學的方法。利用光合細菌、玉壘菌及蠟狀芽孢桿菌等多種微生物組合應用于河蟹育苗系統，對凈化水質有明顯作用，可減少絲狀細菌病的發生。

　　池水消毒　育苗前對育苗水及育苗器具進行嚴格消毒，殺滅水體中或器具上可能存在的絲狀細菌。育苗過程中對已發生絲狀細菌病的育苗池水要進行消毒處理。高錳酸鉀、甲醛等在絲狀細菌半致死濃度下對河蟹幼體同樣具有較強的殺傷作用，因此不宜使用。二氧化氯是一種強氧化劑，具有快速、廣譜殺滅微生物的作用，且無毒、不污染環境，是預防絲狀細菌病的首選消毒劑，具有改善水質和殺滅病原的雙重效果。使用劑量為每立方米水體用二氧化氯０．１克。

　　換水抗菌　河蟹幼體變態時，絲狀細菌會隨著蛻皮而離開幼體的體表，但沒有離開水環境，１～２天后絲狀細菌又會重新附生于新的幼體體表。按照絲狀細菌這一特點，在幼體變態后一天內，將河蟹幼體從原來的水體中撈出，放在潔凈的水中培育，可以有效預防河蟹幼體絲狀細菌病發生。也可對育苗池進行少量多次換水，減少水體中的絲狀細菌數量。同時應采用抗菌藥物進行處理，并對生產工具進行消毒，以防止操作中再次感染。